При использовании гидросмыва образуется большое количество жидких стоков, которые требуют очистки и обеззараживания. Использование жидких стоков в качестве удобрения для кормовых культур, пастбищ, сенокосов без обеззараживания недопустимо, так как это приводит к распространению болезнетворных бактерий и гельминтов. Особенно опасен в этом отношении свиной навоз.
Обеззараживание сточных стоков включает в себя механические, физические, химические, биологические и комбинированные методы воздействия. В первую очередь осуществляется разделение жидких стоков на густую и жидкую фракции, для чего применяют двухъярусные горизонтальные и вертикальные отстойники. Густая фракция влажностью 75 % проходит биотермическую обработку на специальных участках. Жидкая фракция подвергается биологическому методу очистки. Для сточных вод, прошедших предварительное отстаивание, применяют аэротенки - огромные железобетонные резервуары, разделенные на коридоры. Каждый коридор оснащен аэраторами - устройствами, подающими воздух для насыщения кислородом активного ила и перемешивания его со стоками. Затем стоки поступают на вторую ступень биологической очистки, а избыток активного ила обезвоживается. Аэротенки работают в режиме продленной аэрации.
Органические вещества, растворенные в стоках, под воздействием микроорганизмов расщепляются (минерализуются).
Поверхностные стоки животноводческих ферм направляют по открытой системе водоисточников в локальные хранилища (накопители) и после обработки используют для орошения земель. В некоторых случаях для обеззараживания стоков применяют ионизирующее излучение, дезодорацию (с подачей кислорода), озонирование и скорые биофильтры (аэрофильтры).
Следует отметить, что вышеописанные способы очистки навозных стоков несовершенны и дорогостоящи, что обусловливает замену гидросмыва другими способами уборки.