При естественной вентиляции воздух поступает в здание и удаляется из него благодаря разной плотности воздуха внутри помещения и вне его, то есть здесь используются физические свойства воздуха, который при нагревании расширяется, становится легче и по вытяжным шахтам поднимается вверх. В результате этого в помещении образуется вакуум (разрежение воздуха), и свежий воздух через соответствующие каналы и воздуховоды поступает в помещение. Естественная вентиляция является наиболее рациональной. Она позволяет подавать свежий воздух непосредственно в зону дыхания животных и хорошо вентилирует помещение. Естественная вентиляция не требует расхода электроэнергии, занимает минимальный объем в помещении, работает бесшумно, дешева в изготовлении и пожаробезопасна.
Чтобы естественная вентиляция работала в наилучшем режиме, необходима разность температур воздуха внутри и снаружи помещения не менее чем в 5-10 °С. Поэтому эта система менее эффективна летом и более пригодна в холодный период года. При температуре наружного воздуха ниже -12-15 °С, как правило, тепла, выделяемого животными, становится недостаточно для поддержания нормальной температуры воздуха в помещении, и объем вентиляции должен быть искусственно сокращен.
Основные элементы этой системы - приточные и вытяжные устройства. Приточные устройства обычно располагаются в торцах здания и представляют собой отверстия в стенах, снабженные заслонками для регулирования притока. Форма отверстий может быть любой. В качестве вытяжных устройств применяются шахты квадратного сечения с гладкой внутренней поверхностью. Побудителями тяги служат дефлекторы, которые насаживаются на внешний обрез шахты. Воздухообмен регулируется откидывающейся под собственной массой или выдвигающейся по направляющей крышкой (шибером).
Для эффективной работы системы вентиляции с естественным побуждением необходимо подобрать оптимальное соотношение площадей поперечного сечения приточных и вытяжных каналов. Общая площадь поперечного сечения приточных каналов должна составлять около 85 % площади вытяжных каналов. В связи с тем что площадь поперечного сечения вытяжных и приточных каналов во многом зависит от температурного перепада внутри и вне помещения, высоты и расположения вытяжных и приточных отверстий относительно друг друга, конструкций вытяжных шахт, каналов и других факторов, ее необходимо рассчитывать для каждого конкретного случая, учитывая климатические условия, объемно-планировочные решения зданий, принятые схемы воздухообмена и т. д.
Помещения с естественной вентиляцией должны быть хорошо утеплены: заделаны все щели, исправлены окна с двойным остеклением (расстояние между стеклами 100-150 мм), утеплены двери и ворота, устроены тамбуры; свежий воздух в холодное время года должен подаваться только через приточные каналы.