Условия хранения должны исключать порчу сырья и его вторичное загрязнение микроорганизмами.
Емкости для хранения мелассы (металлические баки-хранилища) должны быть хорошо защищены от попадания атмосферных осадков, иметь крыши с плотно закрывающимися люками. Перед загрузкой сырья хранилища следует очистить от остатков старой мелассы, промыть моющими средствами. Если в хранилище находилась сильно обсемененная кислая меласса, рекомендуется произвести дезинфекцию. В хранящейся мелассе количество микроорганизмов по сравнению с исходным не должно увеличиваться, физико-химические показатели также не должны заметно изменяться.
Условия хранения минеральных солей должны исключать смешивание с почвой, увлажнение. Для хранения солей предусматривается устройство специальных помещений, оборудованных закромами, или помещений для хранения в таре, которая должна быть плотной. При неправильных приемке и хранении (выгрузка прямо на землю, открытое хранение россыпью или в неприспособленных помещениях) может произойти загрязнение частицами почвы, а с ней и микроорганизмами.
Кукурузный экстракт хранят в специальных закрытых емкостях, которые перед загрузкой должны быть тщательно очищены от остатков ранее хранившегося продукта, промыты водой и пропарены (при сильном загрязнении следует применить дезинфицирующие средства).
Густой кукурузный экстракт (с содержанием около 50 % сухих веществ) можно хранить длительное время, но при соблюдении требований санитарии и гигиены (предохранять от попадания атмосферных осадков, отбор в производство с помощью специальных насосов или чистыми ведрами). При переработке сильно обсемененного экстракта его подвергают (перед использованием) действию высокой температуры: нужную порцию разбавляют водой в соотношении 1:1 и паром доводят температуру до 90-95 °С.