Технологические режимы изготовления черного байхового чая способствуют размножению различных микроорганизмов на поверхности чайных листьев. В результате могут произойти изменения в химическом составе, появиться посторонний запах, измениться цвет полуфабрикатов и готовой продукции.
Источники и пути проникновения вредной микрофлоры могут быть самыми различными, но в первую очередь это сырье. Чайный лист содержит на своей поверхности большое количество различных микроорганизмов - так называемая эпифитная микрофлора. При сборе и транспортировании количество микроорганизмов может увеличиться, особенно при нарушении правил первичного транспортирования листа с приемных пунктов на чайные фабрики. Механические повреждения и плотная упаковка особенно способствуют увеличению количества микроорганизмов. Так, при свободной упаковке в 1 г чайного листа было обнаружено около 10 тыс. бактерий, а при плотной уже 120 тыс. Основную массу составляют бактерии из группы гнилостных. На помятых, механически поврежденных листьях могут также развиваться плесени из родов Ризопус, Аспергиллус и Пенициллиум. Длительно сохраняются на поверхности листьев патогенные микроорганизмы и бактерии из группы кишечной палочки. Эти микроорганизмы могут попасть при несоблюдении санитарных требований при сборе и транспортировании свежих листьев чая к месту их переработки на чайные фабрики. Это может быть грязная тара, частички почвы, одежда и руки сборщиков. При машинном сборе урожая эти источники частично исключаются, однако увеличивается количество механически поврежденных листьев.
Аппаратура и оборудование, небрежно очищенные и плохо промытые, являются источниками вторичного заражения полуфабрикатов.