После уборки урожая на поверхности одного ячменного зерна обнаруживают сотни и тысячи микроорганизмов: больше всего бактерий, меньше дрожжей и дрожжеподобных. Плесневых грибов на поверхности ячменя всегда значительно меньше, чем бактерий. Общее число микроорганизмов на ячмене зависит от внешних условий в конце вегетационного периода и сильно колеблется.

С развитием микроорганизмов, особенно бактерий, появляется затхлый запах подмоченного ячменя, неравномерность цвета, потеря блеска и др. Главная часть микроорганизмов прилипает к поверхности оболочки ячменя.

Когда ячмень здоровый и сухой и хранится в хороших условиях, микробы не оказывают на него вредного влияния. Они размножаются, если в складском помещении сыро. Кроме неблагоприятного изменения внешнего вида зерна может ухудшиться его всхожесть.

Опасность сильно возрастает при проникновении микроорганизмов под оболочку ячменя. Это может произойти уже на поле, или в дальнейшем при плохом хранении, или в процессе соложения. Наибольшую опасность микробиальное заражение представляет для зерна с нарушенной оболочкой и механическими повреждениями.

Размножение микробов в ячмене нежелательно, и для его предотвращения принимаются меры к снижению обсемененности зерна. К ним относятся тщательная механическая очистка для удаления посторонних загрязнений и половинок зерен; промывка зерна перед замачиванием с частой сменой воды и использованием дезинфектанта - при производстве солода. Важное значение имеют санитарные мероприятия (тщательная уборка токов и оборудования для замочки и ращения солода) и строгое соблюдение технологических режимов.

Особенно важно это при токовом соложении, при котором надо избегать излишнего повреждения зерен и свежепророщенного солода.