Микрофлора рыбы разнообразна, особенно много микробов находится в жабрах желудочно-кишечном тракте и в слизи на поверхности тела. Жабры обсеменяются микрофлорой воды и придонного ила.
На жабрах обнаруживают бактерии рода Псевдомонас, которые обильно развиваются после смерти рыбы. В желудочно-кишечном тракте - анаэробные спорообразующие палочки, могут находиться также возбудители пищевых отравлений - бактерии родов Сальмонелла и Клостридиум ботулинум. В слизи на поверхности тела рыбы имеются спорообразующие и бесспоровые палочки, микрококки, сарцины и другие обитающие в воде микроорганизмы.
В рыбе-сырце могут быть различные пороки из-за развития микроорганизмов. Так, порок бесструктурности мяса происходит за счет заражения паразитами - спорами Хлоромиксум. «Молочное» состояние в мясе рыбы бывает связано с присутствием спор Миксоспоридия или спор других микробов.