С санитарно-гигиенической точки зрения тепловая обработка рыбы при горячем копчении имеет целью разрушить микроорганизмы и их токсины и довести продукт до кулинарной готовности. Большая часть микробов погибает при 70 °С, однако споры бактерий устойчивы к действию тепла, например Клостридиум ботулинум. При соблюдении санитарно-гигиенических условий и технологического режима копчения количество таких микробов и их спор можно свести к минимуму. Чем выше температура копчения и продолжительнее обработка рыбы, тем большее количество спор разрушается. Тепловая денатурация белков рыбы достигается при температуре немного ниже 70 °С, однако для полной проварки мяса рыбы необходимо, чтобы температура в толще мяса была не менее 80 °С. Более высокая температура нежелательна, так как могут произойти разрывы кожи и чрезмерное пересушивание мяса.

Проварка в процессе горячего копчения протекает при темпeрaтуpe горячего воздуха или дымо-воздушной смеси 90-100 °С; продолжительность ее определяется размером рыбы. После проварки производится интенсивная обработка продукта дымом, в результате чего рыба приобретает привлекательный вид и специфические запах и вкус.

Обсемененность копченой рыбы зависит от санитарного состояния помещения и оборудования. Важное значение имеет чистота емкостей для отмочки соленой рыбы.