Пиво и напитки представляют собой среду, малоподходящую для развития патогенных микробов. Поэтому они сравнительно редко оказываются причиной возникновения заболеваний микробной природы. Но санитарно-микробиологическая характеристика пива и напитков имеет некоторые особенности. Для многих микробов пивное сусло является хорошей питательной средой: попадающие в него дрожжи, плесневые грибы и бактерии, в том числе бактерии группы кишечной палочки, могут обильно размножаться.
На стадии главного брожения и выдержки пива количество посторонних микроорганизмов уменьшается из-за неблагоприятных условий, но полного отмирания их не происходит.
Осветление пива путем сепарирования или фильтрации не обусловливает полного удаления дрожжей и других микроорганизмов, поэтому в пиве обычно можно обнаружить разнообразную микрофлору. Если нарушаются условия хранения пива (повышенная температура) или в пиве создаются благоприятные условия для развития микробов (доступ воздуха при плохой укупорке, неполный налив и др.), качество пива понижается: оно мутнеет, прокисает, изменяются его вкус и аромат. Это происходит из-за вторичного размножения кислотообразующих бактерий, диких дрожжей, сусловых бактерий, иными словами, нарушается биологическая стойкость пива. Помутнение пива могут вызвать и физико-химические причины (так называемое небиологическое помутнение при нарушении белково-коллоидного равновесия).
Некоторые возбудители кишечных инфекций могут размножаться в сусле, однако обычно подавляются сопутствующей микрофлорой в период брожения и выдержки пива. Поэтому в передаче дизентерии и других инфекционных кишечных заболеваний пиво не играет существенной роли. Однако посуда, используемая при продаже пива в розлив, часто подвергается сильному загрязнению, и мойка ее не всегда оказывается эффективной.