На качество инкубационных яиц оказывает действие ряд факторов от момента снесения до помещения яиц в инкубатор. Это - температура и влажность воздуха, длительность хранения, микроорганизмы, а также сбор, уход, транспортировка.
Только что снесенное яйцо имеет температуру +40-41°С, поэтому необходимо как можно скорее охладить его до температуры ниже + 20°С. Оптимальная температура складирования яиц от +8 до +12°С. Яйца, хранящиеся при более низкой или более высокой температуре, быстрее теряют выводимость, так как разрушаются и замирают клетки зародышевого диска. А температуры ниже 0°С и выше +41ºС для зародышей смертельны. Неблагоприятно действуют и колебания температуры (это происходит, когда яйца оставляют на длительное время в гнезде и каждая последующая курица снова нагревает их).
Во время хранения яиц зародыш впадает в латентное состояние и ограничивает свои жизненные процессы до минимума. При более высоких температурах (от 20оС до + 35оС) интенсивность всех жизненных процессов повышается, зародыш, однако, не может получать питательные вещества из латебры и желтка, как при инкубации, и очень быстро исчерпывает запасы питательных веществ в отдельных клетках, так что эти крайние клетки умирают. Если же повреждение крайних клеток не очень велико, то инкубирование затягивается, что можно наблюдать у инкубационных яиц, хранящихся длительное время. Если повреждение клеток очень большое, то зародыш замирает. Зародыш также погибает и под воздействием низких температур. Такие яйца обнаруживаются уже при первом просвечивании как неоплодотворенные.
Влажность воздуха влияет на испарение воды из белка. Показатели - высота и величина воздушной камеры (пуга) на тупом конце яйца. При низкой влажности и высокой температуре пуга быстро увеличивается и белок сгущается. Сгущенный белок трудно усваивается зародышем.