Расщепление и синтез сложных органических веществ возможны благодаря ферментативной деятельности различных групп микроорганизмов. По субстрату, на который действуют микробы, все процессы можно разделить на следующие группы:
превращения органических веществ, не содержащих азота (различные виды брожения и окисления);
превращения органических веществ, содержащих азот (аммонификация и гниение);
превращение минеральных азотсодержащих веществ.