Санитарно-гигиенический контроль производства домашнего сыра состоит в проведении анализов молока, предназначенного для заквашивания (на наличие бактерий группы кишечной палочки), закваски, сливок, обезжиренного сырного зерна и готового продукта (на наличие группы кишечной палочки и состав микрофлоры).
При производстве домашнего сыра исключительную роль играют специфическая технически важная микрофлора - микроорганизмы закваски и пастеризованного молока, формирующие структурно-механические свойства сгустка, а также физико-химические и органолептические показатели продукта.
В ходе контроля технологического процесса производства домашнего сыра не реже одного раза в месяц проверяют пастеризованное молоко из ванны до заквашивания на наличие бактерий группы кишечной палочки и молоко после заквашивания на наличие тех же бактерий по бродильной пробе. Закваску анализируют ежедневно. Если при варке зерна наблюдается быстрое нарастание кислотности сыворотки, пастеризованное молоко и закваску проверяют на наличие термоустойчивых молочнокислых палочек.
В случае появления при сквашивании вспученного, броженого или плавающего сгустка исследуют закваску на наличие дрожжей или бактерий, вызывающих излишнее образование летучих и ароматических веществ, способствующих всплыванию сгустка.
Домашний сыр после обсушки проверяют по бродильной пробе. Одновременно с пробами для контроля технологического процесса берут пробы и для проверки санитарно-гигиенического состояния цеха, а также наличия на оборудовании термоустойчивых молочнокислых палочек и дрожжей.