Яйца хранят в картонных коробах или в деревянных ящиках стандартных размеров, чистых, сухих, без плесени и посторонних запахов. Холодильные камеры, транспортные средства и инвентарь камер перед закладкой яиц тщательно дезинфицируют, белят и проветривают. Оптимальная температура хранения яиц минус 1,0-2,0° С, относительная влажность 85-88%. Для обеспечения одинаковой температуры в разных частях камеры необходима искусственная циркуляция воздуха.
До температуры хранения яйца охлаждают в специальных камерах путем постепенного понижения температуры примерно на 1° С за 1-2 ч при влажности воздуха 75-80% и скорости его движения 0,3-0,5 м/с. Процесс охлаждения в зависимости от первоначальной температуры яиц длится 2-3 дня. После охлаждения яиц до 2-3° С их помещают в камеру хранения.
Ящики с яйцами укладывают в штабеля по 10 штук в каждом. Нижние ящики для улучшения циркуляции воздуха устанавливают на деревянные прокладки толщиной 5-7 см.
Между штабелями и около стен оставляют проходы шириной 30-40 см. Картонные короба размещают на деревянных стеллажах.
Температуру и влажность воздуха в холодильных камерах измеряют два раза в сутки одновременно и в нескольких местах: в центральном проходе между штабелями и у стен камеры. Для этого используют тщательно выверенный термометр или термограф, влажность воздуха определяют с помощью гигрометра. Во время хранения не реже одного раза в два месяца проводят контрольное овоскопирование яиц. Для этого отбирают 3-4% ящиков из каждой партии. На основании данных о качестве яиц, полученных при овоскопировании, определяют срок их дальнейшего хранения и очередность реализации яиц.
Во избежание отпотевания яиц, отгружаемых из холодильника в теплое время года, их помещают в отеплитель. Отепление яиц проводят постепенно повышением температуры воздуха на 1° С через каждые 2 ч при постоянной циркуляции воздуха. Отепление продолжают до тех пор, пока температура яиц станет ниже наружного воздуха на 2-3° С. Для измерения температуры во время отепления термометры вставляют внутрь ящиков.
Предложены модифицированные способы хранения яиц на холодильниках - в атмосфере углекислого газа или озона. Добавление углекислого газа к атмосфере холодильника задерживает физический распад яйца вследствие сохранения свойственной яйцу концентрации водородных ионов, тогда как при хранении яиц в обычной атмосфере происходит выделение из яйца углекислого газа, что приводит к увеличению концентрации водородных ионов и к разжижению плотного слоя белка. Углекислый газ тормозит развитие микрофлоры. Концентрация углекислого газа должна быть 1-3%.