Зерна сырого кофе очищают на зерновом сепараторе, просеивая на ситах, аспирируя и пропуская через магнитные заграждения.
На сепараторе устанавливают сита в зависимости от вида перерабатываемого кофе, сообразуясь с размерами очищаемых зерен. Обычно рекомендуется использовать штампованные сита с отверстиями следующих диаметров (в мм): приемное сито - 12, сортировочное - 8, сходовое - 3.
Взамен сит с круглыми отверстиями лучше пользоваться ситами с продолговатыми отверстиями следующих размеров (вмм): приемное - 12 X 16, сортировочное - 10 X 17(ячейки выполнены в виде ромба), сходовое - 2X6 (ячейки выполнены в виде прямоугольника).
При переработке мелких зерен таких сортов, как Мокко, Шари и т. п., используют сортировочное сито с отверстиями диаметром 6 мм.
Зерна кофе обычно бывают загрязнены минеральной примесью (пыль, камешки), органической примесью (ветки, стебли растений, щепочки). При нормальной работе сепаратора эти примеси почти полностью (кроме камешков, по величине равных зерну) удаляются.
Работу сепаратора необходимо контролировать механическим разбором проб зерен, взятых после очистки, и определением в них посторонних примесей.