К дезинфицирующим веществам, применяемым при замачивании ячменя, относятся хлорная и гашеная известь, формалин, марганцовокислый калий и перекись водорода.
Зерно дезинфицируют при всех способах замачивания. Дезинфицирующие вещества добавляют в виде готового раствора во вторую воду, когда зерно уже отмыто от грязи.
На 1 т зерна расходуют 300 г хлорной извести или 3 кг негашеной извести, добавляют 500 г 40%-ного формалина (все в виде раствора). Растворы дезинфицирующих веществ следует приготовлять в отдельных сосудах с соблюдением всех правил техники безопасности. Марганцовокислый калий (перманганат) КМп04 в количестве 10 г на 1 т не только действует, как дезинфицирующее вещество, но и способствует улучшению прорастаемости зерна.