Наибольший вред посевам причиняют свекловичные долгоносики, личинки жуков чернотелок, жуки песчаного медляка, проволочники, гусеницы подгрызающих совок, полевые сверчки, тля свекловичная, луговой и свекловичный клопы, гусеницы лугового мотылька, а из болезней - склеротиния, ложная мучнистая роса, вертицилез, серая и сухая гнили.
В целях защиты подсолнечника от вредителей и болезней проводят следующие мероприятия: соблюдение севооборота и возврат подсолнечника на то же поле через 8-10 лет, обработка семян комбинированными препаратами ТМТД с гамма-изомером гексахлорана из расчета 3 кг на 1 т семян. Против склеротинии и серой гнили семена протравливают ТМТД или фентиурамом из расчета 3-4 кг/т семян. Против почвообитающих вредителей и для повышения устойчивости к склеротиниозу и серой гнили проводят припосевное внесение гранулированного суперфосфата 50 кг/га в смеси с 8-10 кг/га 12% ГХЦГ.
В период всходов подсолнечника при появлении песчаного медляка и серого свекловичного долгоносика проводят наземное опрыскивание эмульсией метафоса или хлорофосом из расчета 1,5-2 кг/га. Перед цветением и перед уборкой проводят выявление больных растений склеротинией, серой гнилью, ложной мучнистой росой. Пораженные растения уничтожаются, также как и корзинки с растений, пораженных заразихой.
Гербициды применяются до посева или после посева, до всходов. Наиболее эффективными гербицидами являются алипур - 15 кг/га, трефлан (отечественный аналог нитрофор) - 1,5-2 кг, прометрин - 2-2,5 кг, эптам - 4-5 кг/га. По данным ВНИИМК, высокий эффект получен от применения трефлана и прометрина. Названные препараты - допосевного или припосевного использования. Для этого необходимо применять комбинированные агрегаты, позволяющие одновременно высевать семена, вносить минеральные удобрения и гербициды.